马尾区辖1个街道、3个镇：罗星街道、马尾镇、亭江镇、琅岐镇，区政府驻罗星街道江滨东大道。

马尾区素有“千年古港、百年船政”之称。1951年，设马尾镇，1982年，设马尾区。马尾区文化旅游资源丰富，人文底蕴深厚，名胜古迹极多，世界唯一的船政建筑群、最早被国际公认的航海塔、海上丝绸之路的起点地等都位于马尾区。