运河区辖6个街道、2个镇：水月寺街道、南环中路街道、南湖街道、市场街道、西环中街街道、公园街道、小王庄镇、南陈屯镇。区人民政府驻浮阳南大道。

运河区，因京杭大运河纵贯南北而得名。1980年3月，建沧州市运河区；1997年10月21日，撤销郊区，将原郊区所辖的南陈屯乡（不含王希鲁村）、小王庄乡（不含三里庄、北赵家坟村）划归运河区。