琼山区辖7个镇（龙塘镇、云龙镇、红旗镇、三门坡镇、大坡镇、甲子镇、旧州镇）、4个街道（国兴街道、府城街道、凤翔街道、滨江街道）。琼山区政府驻滨江街道惠民路。

琼山，古名珠崖、曋都、玳瑁、舍城、颜城、崖州、琼州、琼山郡、琼台。早在汉朝时属珠崖郡玳瑁县地，因当地盛产玳瑁而得名。隋朝时从玳瑁县东境设颜卢县。唐武德五年（622年）改颜卢为颜城，属崖州，唐武德五年（622年）至宋开宝五年（972年）间，崖州治所在今琼山。唐贞观元年（627年），又改颜城为舍城，从舍城分出一部分设置琼山县。宋代按户口、资地条件等分为望、紧、上、中、下五等县，海南岛仅琼山属中等，其余的县均属下等。琼山经唐以来重点开发，经济、文化一直居全岛领先地位，为历史上海南发展最早和最好的地区。琼山区著名人物有一代文宗丘濬、“海青天”海瑞、户部左给事中许子伟、冯白驹将军等。