井研县辖14个镇、1个街道：研城街道、马踏镇、竹园镇、研经镇、周坡镇、千佛镇、王村镇、三江镇、东林镇、集益镇、纯复镇、宝五镇、镇阳镇、高凤镇、门坎镇。县政府驻研城街道。

井研县古为蜀国领域，汉置武阳县井研镇，隋开皇十一年（591年）立隆山郡，废蒲亭置井研县。从隋开皇十一年（591年）建县起，经唐、宋至元朝初期的六百多年，县域有所扩大。