船营区下辖11个街道、3个镇、1个乡：德胜街道、南京街道、大东街道、青岛街道、向阳街道、北极街道、致和街道、长春路街道、临江街道、北山街道、黄旗街道、大绥河镇、搜登站镇、越北镇、欢喜乡。

清顺治十八年(1661年)在此造船，俗称船营，区名始此。