清江浦区下辖14个街道，2个镇，1个办事处，有城南街道，清江街道，浦楼街道，闸口街道，清浦街道，府前街道，长西街道，淮海街道，长东街道，柳树湾街道，水渡口街道，清河街道，武墩街道，盐河街道，和平镇，黄码镇，宁连路办事处。

清江浦区古黄河、里运河、大运河、淮河入海水道四水穿城，区内公路、铁路、水路四通八达，京沪、宁淮、宁连等多条高速在境内交汇，新长铁路纵贯全境，京杭大运河等多条流域性航道通江达海，紧邻淮安民航机场，是苏北重要的区域性交通枢纽。