屯溪区辖以下乡镇（街道）：昱东街道、昱中街道、昱西街道、老街街道、屯光镇、阳湖镇、黎阳镇、奕棋镇。区政府驻阳湖镇。

南朝陈天嘉三年（562年），撤犁阳县入海宁县，屯溪即为休宁县首镇。1949年，建制为省辖市，以后两度撤市为镇。1976年，恢复屯溪市。1987年，成立省辖黄山市，屯溪改为市辖区。