三元区辖7个街道、4个镇、1个乡：列东街道、列西街道、徐碧街道、城关街道、白沙街道、富兴堡街道、荆西街道、陈大镇、洋溪镇、莘口镇、岩前镇、中村乡，另辖1个经济开发区：福建三元经济开发区。区政府驻列东街道新市北路。

三元区古属延平府沙县、永安县、汀州府归化县，明代中期即为闽中重镇。1983年，设三元区，2021年，撤销三明市梅列区、三元区，设立新的三明市三元区。三元区是人文之地，是闽学的发祥之地和腾龙之所，境内发现的万寿岩旧石器时代文化遗址把古人类在福建生活的历史提前了18.5万年，拥国家级历史文化名村忠山十八寨、中国传统村落龙安村等历史人文资源，中村窑遗址、正顺庙等国家及省级文保单位8处。