卓尼县辖11个镇、4个乡：柳林镇、木耳镇、扎古录镇、喀尔钦镇、藏巴哇镇、纳浪镇、洮砚镇、阿子滩镇、申藏镇、完冒镇、尼巴镇、刀告乡、恰盖乡、康多乡、勺哇土族乡。县政府驻柳林镇。

夏、商、周时期，卓尼属雍州之域。1958年，卓尼与临潭合并，撤销卓尼县建置，称临潭县，治所设旧城。1961年，决定恢复卓尼县建置。卓尼县境内有306省道穿境。境内有大峪沟、禅定寺等旅游景区。