孝南区辖4个街道，8个镇，3个乡：书院街道、新华街道、广场街道、车站街道、新铺镇、西河镇、杨店镇、陡岗镇、肖港镇、毛陈镇、三汊镇、祝站镇、朋兴乡、卧龙乡、闵集乡。孝南区政府驻书院街道书院街。

1993年，撤销孝感地区和县级孝感市，设立孝感市，原县级孝感市分设孝南区、孝昌县。孝南是传说中“七仙女”下凡的地方。从南朝宋孝建元年（公元454年）始，这里一直是县、州、府、署、市所在地。