万州区辖52个行政区划单元（14个街道、27个镇、11个乡），区政府驻陈家坝街道江南大道。

万州历史悠久，东汉建安二十一年，刘备分朐忍西南地界置羊渠县，治今万州区长滩镇，为区境行政建置之始。中华人民共和国成立后为万县专（地）区行署所在地，1992年设立地级万县市，重庆市直辖后设立万州区。万州区先后获“中国烤鱼之乡”“中国曲艺之乡”“重庆市历史文化名城”等称号，巴渝文化、三峡文化、抗战文化、移民文化在万州交融发展。