甘州区辖5个街道、13个镇、5个乡：东街街道、西街街道、南街街道、北街街道、火车站街道、梁家墩镇、上秦镇、大满镇、沙井镇、乌江镇、甘浚镇、新墩镇、党寨镇、碱滩镇、三闸镇、小满镇、明永镇、长安镇、龙渠乡、安阳乡、花寨乡、靖安乡、平山湖蒙古族乡，甘州区政府驻新墩镇临松西街。

汉元鼎六年（公元前111年），汉武帝设置张掖郡。西魏废帝三年，张掖改为甘州。2002年，张掖市撤市设甘州区。