斗门区辖1个街道、5个镇：白藤街道、井岸镇、白蕉镇、斗门镇、乾务镇、莲洲镇。区政府驻井岸镇朝福路。

宋代以前，斗门一带称黄字围，全境属新会县潮居里。南宋绍兴二十二年（1152年），香山置县，黄杨山附近岛的划归香山县。2001年，斗门撤县建区，称为珠海市斗门区。