肇州县共6个镇、6个乡，2个场。肇州镇、永乐镇、丰乐镇、朝阳沟镇、兴城镇、二井镇、双发乡、托古乡、朝阳乡、永胜乡、榆树乡、新福乡。

金史载：“天会八年以太祖兵胜辽，肇基王绩于此，遂建为州，下辖一县曰始兴。”因名肇州，始有肇州之称。面积约50000平方公里，治所在今肇源茂兴镇。