海伦市下辖16个镇、7个乡：海伦镇、海北镇、伦河镇、共合镇、海兴镇、祥富镇、东风镇、百祥镇、前进镇、向荣镇、长发镇、东林镇、永和镇、共荣镇、海南乡、乐业乡、福民乡、丰山乡、永富镇、联发镇、爱民乡、扎音河乡、双录乡，市政府驻海伦镇新大道。

海伦市是黑龙江省建治较早的县份之一，清宣统元年（1909年），海伦直隶厅改为海伦府。1989年，设立县级海伦市。