孙吴县下辖2个镇、9个乡：孙吴镇、辰清镇、沿江满族达斡尔族乡、腰屯乡、西兴乡、卧牛河乡、清溪乡、正阳山乡、红旗乡、奋斗乡、群山乡。

唐朝，今孙吴境内归室韦都护府。金朝，属蒲与路。元初，属乃颜封地。后属开元路矢宝赤万户府。明永乐七年（1409年），于黑龙江口设奴尔干都指挥使司，孙吴为其所辖。